He encontrado una utilidad de conversión de audio para nautilus muy sencilla de manejar. Se trata de un script que debemos copiar en ~/.gnome2/nautilus-scripts para posteriormente poder convertir los archivos de música mediante un nuevo menú que aparecerá al hacer click con el botón derecho sobre ellos (el menú de scripts/audio-convert).

Con este script se puede pasar de los formatos wav, ogg, mp3, mpc, flac, ape y wma a wav, ogg, mp3, mpc, flac o ape.